1983 წელს დაამთავრა ივანე ჯავახიშვილის სახელობის თბილისის სახელმწიფო უნივერსიტეტის ისტორიის ფაკულტეტი.

სამეცნიერო - პედაგოგიურ და კვლევით სამუშაოებს აწარმოებდა ბერლინის თავისუფალ და ტიუბინგენის უნივესიტეტებში, ასევე გერმანიის არქეოლოგიის ინსტიტუტში. მონაწილეობდა ტროას საერთაშორისო არქეოლოგიურ გათხრებში. 2005 წელს თბილისში თორმეტი ქვეყნის ჰუმბოლდტელთა მონაწილეობით ჩაატარა სიმპოუზიუმი თემაზე: "სამხრეთ კავკასია ევროპული ინტეგრაციის გზაზე", ხოლო 2007 წელს - შავი ზღვის აუზის ქვეყნებისა და გერმანიის ჰუმბოლდტელ - არქეოლოგებთან ერთად სიმპოზიუმი თემაზე: "შავი ზღვის აუზი ძვ.წ 5000-500წწ. კომუნიკაცია კავკასიასა და კარპატებს შორის". ჯონი აფაქიძის კვლევის ძირითადი მიმართულებებია: კავკასიის ბრინჯაოსა და ადრერკინის ხანის კულტურები; ქრონოლოგია არქეოლოგიაში; კოლხეთის არქეოლოგია; ტროას არქეოლოგია, ისტორია და კულტურა. 2007 წლის სექტემბრიდან 2009 წლის მაისამდე ასრულებდა სოხუმის უნივერსიტეტის რექტორის მოვალეობას. 2009-2017 წლებში იყო სოხუმის სახელმწიფო უნივერსიტეტის რექტორი. გამოქვეყნებული აქვს 80-მდე ნაშრომი, მათ შორის დიდი ნაწილი დაბეჭდილია საყოველთაოდ აღიარებულ მაღალრეიტინგულ საერთაშორისო გამოცემებში. იყო გერმანიის სასწავლო - აკადემიური გაცვლების სამსახურის სტიპენდიატი (1993), გერმანიის არქეოლოგიის ინსტიტუტის სტიპენდიატი (1996), გერმანიის ალექსანდრე ფონ ჰუმბოლდტის ფონდის სტიპენდიატი (1998,1999,2003, 2006,2010). ისტორიის მეცნიერებათა კანდიდატი (1989), დოცენტი (1993), დოქტორი (2002), პროფესორი (2004),  სრული პროფესორი (2006). 2007 წლის სექტემბრიდან 2009 წლის მაისამდე ჯონი აფაქიძე სოხუმის უნივერსიტეტის რექტორის მოვალეობის შემსრულებელია, 2009 წლის მაისიდან კი იგი არჩეულია სოხუმის სახელმწიფო უნივერსიტეტის რექტორად. გამოქვეყნებული აქვს 72 ნაშრომი, მათ შორის დიდი ნაწილი დაბეჭდილია საყოველთაოდ აღიარებულ მაღალრეიტინგულ საერთაშორისო გამოცემებში.

ბიბლიოგრაფია