დაიბადა 1974 წლის 20 ივნისს, ქ. თბილისში.

1996 წელს დაამთავრა ივანე ჯავახიშვილის სახელობის თბილისის სახელმწიფო უნივერსიტეტის ისტორიის ფაკულტეტი.

1994 წლიდან მუშაობს ივანე ჯავახიშვილის სახელობის თბილისის სახელმწიფო უნივერსიტეტში.

1994-2009 წლებში იყო ქართული დიპლომატიის ისტორიის ს/კ ცენტრის თანამშრომელი.

2006-2012 წლებში ჰუმანიტარულ მეცნიერებათა ფაკულტეტის ასისტენტ პროფესორი.

2001 წელს დაიცვა დისერტაცია თემაზე:  ,,საქართველო და რუსეთის მე-4 სახელმწიფო სათათბირო’’.

2012 წლიდან ასოცირებული პროფესორია. არაერთი საუნივერსიტეტო სახელმძღვანელოსა და სალექციო კურსის (ქართველები საქართველოს გარეთ; ქართული პარლამენტარიზმის ისტორია) ავტორი.

 მონაწილეობა აქვს მიღებული ისეთი გამოცემების მომზადებაში, როგორიცაა: "ქართული დიპლომატიური ლექსიკონი" (2 ტომი), "ივანე ჯავახიშვილი-ენციკლოპედიური ლექსიკონი", "ქართული საისტორიო ენციკლოპედიური ლექსიკონი". ასევე არის VII, VIII, XI და XII კლასების ისტორიის სასკოლო სახელმძღვანელოების თანაავტორი (2007-2020 წწ.). 

ბონდო კუპატაძე ტელერადიო მაუწყებლობის 101 სერიანი დოკუმენტური ფილმის "საქართველო-XX საუკუნე" სცენარის ავტორია და სამეცნიერო კონსულტანტი (2001); პროდიუსერი და სცენარის ავტორია თურქეთის ქართველებსა და ქართულ ძეგლებზე შექმნილი მხატვრულ-დოკუმენტური ფილმებისა: "მზიანი ღამის ფერები" (2006) და "სამშობლოა ჩემი" (საერთაშორისო კინოფესტივალ "წმ. ანდრიას ჯვრის" ლაურეატი, 2010).

2018-2020 წლებში იყო შოთა რუსთაველის ეროვნული სამეცნიერო ფონდის მიერ დაფინანსებული პროექტის "ტაო-კლარჯეთის ქართული ციხე-სიმაგრეების" სამეცნიერო ხელმძღვანელი.

ბონდო კუპატაძე არის 120 სამეცნიერო ნაშრომის ავტორი:

საქართველოსა და რუსეთის მე-4 სახელმწიფო სათათბირო (1912)  // ჟურნალ "არტანუჯის" ბიბლიოთეკა; N 2. - თბილისი: 1997.

საქართველოს ისტორია: სახელმძღვანელო უმაღლ. სასწ. არასპეც. ფაკ. სტუდენტებისათვის  // ნაწ.1.  თბილისი: არტანუჯი, 2004.

საქართველო და რუსეთის მე-4-ე სახელმწიფო სათათბირო, თბილისი: არტანუჯი, 2005.

მსოფლიო ცივილიზაციები // ნაწ.1. - თბილისი: 2005.

საქართველოს ხელისუფლების ისტორია, თბილისი: უნივერსალი, 2009.

ისტორია: საჯარო სკოლის XII კლასის სახელმძღვანელო, თბილისი: დიოგენე, 2012.

ისტორია: აბიტურიენტებისათვის, თბილისი: კლიო, 2014.

ისტორია: აბიტურიენტებისათვის,  თბილისი: კლიო, 2016.

საქართველოს 100 ღირსშესანიშნაობა (თანაავტორი) // თბილისი: დანი, 2017.

საქართველოს დემოკრატიული რესპუბლიკა (1918-1921): ენციკლოპედია-ლექსიკონი (თანაავტორი) // თბილისი: თსუ გამომცემლობა, 2018.

ტაო-კლარჯეთის ციხე-სიმაგრეები: კრებული (თანაავტორი) // ტ.1. - თბილისი: სამშობლო, 2020.

ტაო-კლარჯეთის ციხე-სიმაგრეები: კრებული (თანაავტორი) // ტ.2. - თბილისი: სამშობლო, 2020.

ტაო-კლარჯეთის ციხე-სიმაგრეები: კრებული (თანაავტორი) // ტ.3. - თბილისი: სამშობლო, 2020.